По мнению историков, женский монастырь Сан-Марко во Флоренции был основан в XIII веке Конгрегацией сильвестринцев святого Бенедикта. Когда флорентийский купец Козимо Медичи в 1437 году передал монастырь Ордену доминиканцев, он нанял архитектора Микелоццо ди Бартоломео для его реконструкции, хотя Медичи никогда не отличались благочестием и щедростью. В монастыре появились новые кельи и крытые галереи вдоль зданий. После окончания работ монастырь наполнился изображениями герба и символики семьи Медичи, что подтверждает сомнения в искренности поступка Козимо.
Через некоторое время монах Беато Анжелико расписал монастырь религиозными сюжетами. В монашеской келье монастыря жил Джироламо Савонарола, куда ему приказали отправиться, когда началась война с Венецией. Он даже пытался проповедовать в церкви Сан-Марко, но не имел успеха. Монахом монастыря был Михаил Триволис, больше известный как Максим Грек. Этот человек обладал огромными знаниями и даже сделал вклад в русскую культуру, переведя церковные книги на русский язык.
Сейчас монастырь является музеем. Здесь можно увидеть фрески Боччетти и картины Гирландайо, познакомиться монастырским бытом средневековых монахов.