В 1916 году была возведена церковь на средства, которые собрали все религиозные общины. Освятили строение в 1918 году.
Строили церковь в расчете на то, что она будет греческой, а именно для православной общины города, которая была ориентирована на греческие церкви. Однако богослужение происходило на греческом и русском языке. Известный ученый, который являлся византиведом, новомученик Елизарий, до революции проводил тут службы.
У церкви в 1959 году полностью разрушили звонницу. Она была восстановлена только к юбилею города, который наступил в 2013 году. В тот же год подняли колокол на звонницу храма, именованного в честь пророка Ильи. Колокол изготавливал город Днепропетровск специально к юбилею города. На колоколе была надпись, которая говорила о том, что сей колокол был отлит на 2500-летие города Евпатории в лето 2003 года для храма пророка Ильи. Отец Елизарий, до революции проводил тут службы.
Внутри интерьер церкви поражает всех посетителей фресками, выполненными в новогреческом стиле. В этой церкви на сегодняшний день расположена лампада, в которой горит вечный огонь. Доставили его сюда из храма греческого городка Закинтос.